中微量元素水溶肥种的微量元素包括钙、镁等营养元素，含有硝态氮。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物的成长发育的作用与大量元素是同等重要的，当某种微量元素缺乏时，作为生长发育受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面。微量元素会使作物中毒，轻则影响产品和品质，严重时甚至危及人畜健康。随着作物产品的不断提高和化肥的大量施用，对微量元素肥料的施用逐渐迫切。在微量元素肥料中通常以铁、锰、锌、铜、镁、钙的硫酸盐、硼酸、钼酸以其一价盐应用较多。

可以叶面施肥、浸种蘸根、灌溉施肥，灌溉包括喷灌、滴灌等方式进行灌溉时施肥，既节约用水，又节约施肥，而且还植物吸收快。叶面施肥，把肥料先稀释溶解于水中进行叶面喷施，或者与非强碱强酸性农药一起溶于水中进行均匀叶面喷施，通过叶面气孔进入植株内部，植物可以通过叶片营养吸收，极大地提高了肥料吸收利用效率。大量元素水溶肥的施用方法十分简便，它可以随着灌溉水包括喷灌、滴灌等方式进行灌溉时施肥，既节约了水，又节约了肥料，而且还节约了劳动力，这在劳动力成本日益高涨的今天使用水溶性肥料的效益是显而易见的。由于水溶性肥料的施用方法是随水灌溉，所以使得施肥极为均匀，这也为提高产量和品质奠定了坚实的基础。水溶性肥料一般杂质较少，电导率低，使用浓度十分方便调节，所以它即使对幼嫩的幼苗也是安全的，不用担心引起烧苗等不良后果。