平衡的目的是把不平衡的质量除掉。
动平衡机应采用立式动平衡机，这样在动平衡机上转子的旋转行为比在卧式动平衡机上更接近冷冻离心机实际运转。当然希望在较接近冷冻离心机的实际转速进行平衡，但从动平衡机的产品现状和实际操作来讲这不现实，动平衡一般在1000r/min左右进行，动平衡转速越高，实际操作难度就越大。动平衡时把不平衡的质量在转子相应相角去掉。这样的动平衡应是双面的，即在转子的底部和顶部都要进行。冷冻离心机的**阶临界转速一般都在800r/min左右，所以在这个转速进行动平衡就足够了，根据国内离心机厂的经验，对于高速冷冻离心机和低速大容量冷冻离心机的角转子，只要加工工艺严格合理，只进行转子的底部动平衡就足够了，甚至不做动平衡都可以。
由于有了质量的位置偏心量的存在，作用在支撑轴上的离心力对质量的物质就增加了。这个惯性离心力的实际作用大小取决于转子的原始偏心，转子的动力学性能及转速。如果转子短而粗，即使存在较大的原始偏心、导致旋转时产生较大的附加惯性离心力，低速离心机的减振设计一般能包容这种现象。短而粗的转子比细而长的运转稳定性好。最常用的角转子属其中间，还算较稳定。在国内离心机厂的生产转子工艺中，一般先做粗略的静平衡，然后进行动平衡。
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