脱硫塔是系统的核心，气流在塔内过塔高度15m，在塔内停留时间7秒。湿法烟气脱硫效率由塔的传质能力决定，与液气二相在塔内接触程度相关。在塔内，SO₂被水吸收，成为亚硫酸（氧化后为硫酸），再与碱性物（或二性物）反应生成亚硫酸盐及硫酸盐。石灰石脱硫主要产物是石膏。其和反应为：

SO₂的吸收：         SO₂ (g) ↔ SO₂ (aq)

SO₂ (aq) + H₂O ↔ H⁺ + HSO₃^-

HSO^3- ↔ H⁺ + SO3^2-

HSO₃的氧化          HSO^3- + ½O₂ ↔ H⁺ + SO4^2-

H⁺ + SO4^2- ↔ HSO^4-

固体CaCO₃的离解        CaCO₃  ↔ CaCO₃ (aq)

Ca(OH)₂ (aq) ↔ Ca²⁺ +2OH^-

中和反应                 OH^- + H⁺ ↔ H₂O (aq)

（有水生成，无CO2放出）

结晶反应            Ca²⁺ +SO₄^2- + 2H₂O ↔ CaSO₄·2H₂O(s)