根状茎黄色，常分枝，密生多数须根。叶有长柄；叶片稍带革质，卵状三角形，宽达10厘米，三全裂，中央全裂片卵状菱形，长3-8厘米，宽2-4厘米，顶端急尖，具长0.8-1.8厘米的细柄，3或5对羽状深裂，在下面分裂最深，深裂片彼此相距2-6毫米，边缘生具细刺尖的锐锯齿，侧全裂片具长1.5-5毫米的柄，斜卵形，比中央全裂片短，不等二深裂，两面的叶脉隆起，除表面沿脉被短柔毛外，其余无毛；叶柄长5-12厘米，无毛。
花葶1-2条，高12-25厘米；二歧或多歧聚伞花序有3-8朵花；苞片披针形，三或五羽状深裂；萼片黄绿色，长椭圆状卵形，长9-12.5毫米，宽2-3毫米；花瓣线形或线状披针形，长5-6.5毫米，顶端渐尖，中央有蜜槽；雄蕊约20，花药长约1毫米，花丝长2-5毫米；心皮8-12，花柱微外弯。
蓇葖长6-8毫米，柄约与之等长；种子7-8粒，长椭圆形，长约2毫米，宽约0.8毫米，褐色。2-3月开花，4-6月结果。
黄连喜冷凉、湿润、荫蔽，忌高温、干旱。一般分布在1200~1800m的高山区，需要温度低、空气湿度大的自然环境。不能经受强烈的阳光，喜弱光，因此需要遮荫。
根浅，分布于5~10cm的土层，适宜表土疏松肥沃，有丰富的腐殖质，土层深厚的土壤，pH5.5~6.5，为微酸性。生海拔1500~2300米间的高山寒湿的林荫下，野生或有时栽培。
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