高速冷冻离心机不管是用于非无菌药仍是用于无菌药，或者是用于制药中间体仍是用于废品药，其出产过程中对环境均提出了很高的要求，如洁净车间，就有相应洁净等级要求，设备的良好密闭机能使外部与机器内部坚持有效的隔离。然而，高速冷冻离心机内腔中的固、液、气相等不得对车间环境造成污染，反之，外部环境也不能对内部物料发生污染。因此，制药厂在订货时应告知高速冷冻离心机制造商，提出密闭要求。对高速冷冻离心机的密闭机能进行改进设计，并在制造时充分体现，应在以下几个方面进行考虑：
机盖一般为翻转式，机盖与机壳接合面应有可靠的密封措施，假如因密封结构或材质防腐失效，就可能造 成液、气相的泄漏，对环境、职员造 成伤害。
机盖法兰上加工燕尾槽，装置密封条，以保证密封条的定位可靠性，密封条为梯形中空结构，以保证其密闭机能。密封条采用硅橡胶等材质，按所处理物料的防腐要求来确定密封条材质。
主轴螺母、轴承位的密封，以前的守旧机型在此密封措施相比简易，只能做到相对密封。如主轴螺母部位，主轴螺母与转鼓接合面，一般不设置密封圈，高速冷冻离心机在运行过程中易发生液相或气相的渗透，对主轴锥面产生侵蚀，甚至渗透轴承中，对轴承发生破坏，从而影响机器的正常使用。上轴承盖一般都设置骨架式密封等结构，但上轴承盖至转鼓锥面之间的一局部则暴露在外，高速冷冻离心机内腔中的气雾，则可能对主轴披露面产生侵蚀。
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